有机肥所含养分种类较多，与养分单一的化肥相比是优点，但是它所含养分并不均衡，不能满足作物高产的需要，在施用有机肥时应根据作物对养分的要求配施化肥。
有机肥虽然所含养分种类较多，但养分含量较低，且在土壤中分解较慢，在有机肥施用量不是很大的情况下，很难满足作物对营养元素的需要。而化肥养分含量高，肥效迅速，可根据作物需要量的多少，有针对性地补充，但肥效期短。有机肥与化肥配合施用，二者取长补短，发挥各自的优势，可在数量和时间上满足作物对各种营养元素的需要。
许多有机肥带有病菌、虫卵和杂草种子，有些有机肥中有不利于作物生长的有机化合物，所以均应经过堆沤发酵、加工处理后才能施用。
充分腐熟的有机肥不宜与碱性肥料混用，若与碱性肥料混用，会造成氮的损失，降低有机肥养分含量。
